1er tour
16.09.1986 B 1903 København - Vitosha Sofia 1:0 (0:0)
Fram Reykjavík - GKS Katowice 0:3 (0:1)
17.09.1986 Waterford United - Girondins Bordeaux 1:2 (0:1)
Rapid Wien - Club Brugge KV 4:3 (2:1)
AS Roma - Real Zaragoza 2:0 (1:0)
SL Benfica - Lillestrøm SK 2:0 (1:0)
Nentori Tiranë - Dinamo Bucureşti 1:0 (0:0)
Aberdeen FC - FC Sion 2:1 (0:1)
Malmö FF - Apollon Limassol 6:0 (4:0)
Bursaspor - AFC Ajax 0:2 (0:0)
Haka Valkeakoski - Torpedo Moskva 2:2 (1:1)
Olympiakos Piraeus - Union Luxembourg 3:0 (1:0)
VfB Stuttgart - TJ Spartak TAZ Trnava 1:0 (0:0)
Glentoran FC - 1. FC Lokomotive Leipzig 1:1 (1:0)
Budapesti Vasas - Velež Mostar 2:2 (1:1)
Żurrieq FC - Wrexham AFC 0:3 (0:1)
30.09.1986 Girondins Bordeaux - Waterford United 4:0 (0:0)
01.10.1986 Vitosha Sofia - B 1903 København 2:0 (0:0)
Club Brugge KV - Rapid Wien 3:3 (1:0)
Real Zaragoza - AS Roma 4:3 (1:0, 2:0, 2:0) tab
Lillestrøm SK - SL Benfica 1:2 (1:1)
Dinamo Bucureşti - Nentori Tiranë 1:2 (0:1)
FC Sion - Aberdeen FC 3:0 (2:0)
Apollon Limassol - Malmö FF 2:1 (2:1)
AFC Ajax - Bursaspor 5:0 (4:0)
Torpedo Moskva - Haka Valkeakoski 3:1 (2:0)
Union Luxembourg - Olympiakos Piraeus 0:3 (0:0)
TJ Spartak TAZ Trnava - VfB Stuttgart 0:0 (0:0)
1. FC Lokomotive Leipzig - Glentoran FC 2:0 (1:0)
Velež Mostar - Budapesti Vasas 3:2 (0:0)
Wrexham AFC - Żurrieq FC 4:0 (3:0)
02.10.1986 GKS Katowice - Fram Reykjavík 1:0 (0:0)
2e tour
22.10.1986 Rapid Wien - 1. FC Lokomotive Leipzig 1:1 (0:1)
Real Zaragoza - Wrexham AFC 0:0 (0:0)
Vitosha Sofia - Velež Mostar 2:0 (0:0)
GKS Katowice - FC Sion 2:2 (2:0)
Torpedo Moskva - VfB Stuttgart 2:0 (1:0)
SL Benfica - Girondins Bordeaux 1:1 (1:1)
Nentori Tiranë - Malmö FF 0:3 (0:0)
AFC Ajax - Olympiakos Piraeus 4:0 (2:0)
05.11.1986 1. FC Lokomotive Leipzig - Rapid Wien 2:1 (0:0, 1:1) ap
Wrexham AFC - Real Zaragoza 2:2 (0:0, 0:0) ap
Velež Mostar - Vitosha Sofia 4:3 (1:1)
FC Sion - GKS Katowice 3:0 (0:0)
VfB Stuttgart - Torpedo Moskva 3:5 (2:4)
Girondins Bordeaux - SL Benfica 1:0 (1:0)
Malmö FF - Nentori Tiranë 0:0 (0:0)
Olympiakos Piraeus - AFC Ajax 1:1 (0:0)
Quarts de finale
04.03.1987 Real Zaragoza - Vitosha Sofia 2:0 (0:0)
Girondins Bordeaux - Torpedo Moskva 1:0 (0:0)
1. FC Lokomotive Leipzig - FC Sion 2:0 (0:0)
Malmö FF - AFC Ajax 1:0 (1:0)
18.03.1987 Vitosha Sofia - Real Zaragoza 0:2 (0:1)
Torpedo Moskva - Girondins Bordeaux 3:2 (0:1)
FC Sion - 1. FC Lokomotive Leipzig 0:0 (0:0)
AFC Ajax - Malmö FF 3:1 (1:0)
Demi-finales
08.04.1987 Real Zaragoza - AFC Ajax 2:3 (1:1)
Girondins Bordeaux - 1. FC Lokomotive Leipzig 0:1 (0:0)
22.04.1987 AFC Ajax - Real Zaragoza 3:0 (1:0)
1. FC Lokomotive Leipzig - Girondins Bordeaux 6:5 (0:1, 0:1, 0:1) tab
Finale
13.05.1987 AFC Ajax - 1. FC Lokomotive Leipzig 1:0 (1:0)
Cup Winners Cup
Cup Winners Cup