| 15. Journée | 17.01.2000 | Aris Saloniki | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 23.01.2000 | Ionikos Nikea | - | OFI Heraklion | 1:1 |  |
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| 17. Journée | 30.01.2000 | Skoda Xanthi | - | Ionikos Nikea | 2:1 |  |
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| 19. Journée | 13.02.2000 | AO Proodeftiki | - | Ionikos Nikea | 2:2 |  |
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| 20. Journée | 20.02.2000 | Ionikos Nikea | - | Panionios GSS | 2:0 | |
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| 21. Journée | 27.02.2000 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 0:2 | ||||
| 22. Journée | 06.03.2000 | Ionikos Nikea | - | AO Kavala | 2:0 | |
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| 24. Journée | 19.03.2000 | AEK Athen | - | Ionikos Nikea | 5:1 | |
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| 25. Journée | 27.03.2000 | Ionikos Nikea | - | PAOK Saloniki | 1:0 | |
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| 26. Journée | 02.04.2000 | Panathinaikos | - | Ionikos Nikea | 5:0 | ||||
| 30. Journée | 03.05.2000 | Olympiakos Piraeus | - | Ionikos Nikea | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 07.05.2000 | PS Kalamata | - | Ionikos Nikea | 2:0 | |
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| 32. Journée | 14.05.2000 | Ionikos Nikea | - | Aris Saloniki | 2:2 | |
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| 33. Journée | 21.05.2000 | OFI Heraklion | - | Ionikos Nikea | 2:0 | ||||
| 34. Journée | 28.05.2000 | Ionikos Nikea | - | Skoda Xanthi | 2:1 | |
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