| 4. Journée | 27.08.2016 | Hertha BSC [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 6:3 | ||||
| 10. Journée | 30.10.2016 | JFV Nordwest [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:3 | ||||
| 12. Journée | 20.11.2016 | Energie Cottbus [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 27.11.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Werder Bremen [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 10.12.2016 | RB Leipzig [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 7:1 | ||||
| 17. Journée | 11.02.2017 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hertha BSC [A-jeun] | 2:3 | ||||
| 19. Journée | 26.02.2017 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hamburger SV [A-jeun] | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 04.03.2017 | Holstein Kiel [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 5:1 | ||||
| 21. Journée | 11.03.2017 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Dynamo Dresden [A-jeun] | 0:0 | ||||
| 23. Journée | 09.04.2017 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | JFV Nordwest [A-jeun] | 4:2 |  |
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| 24. Journée | 22.04.2017 | VfL Wolfsburg [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 3:0 | ||||
| 25. Journée | 29.04.2017 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Energie Cottbus [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 06.05.2017 | Werder Bremen [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:2 |
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