| 17. Journée | 30.01.1999 | Apollon Smyrnis | - | Skoda Xanthi | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 08.02.1999 | Olympiakos Piraeus | - | Apollon Smyrnis | 0:0 |  |
|||
| 19. Journée | 14.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | AEK Athen | 1:1 | ||||
| 20. Journée | 21.02.1999 | Apollon Smyrnis | - | Panionios GSS | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 28.02.1999 | Panelefsiniakos Elefsinas | - | Apollon Smyrnis | 1:0 | ||||
| 22. Journée | 06.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Veria FC | 2:0 | ||||
| 24. Journée | 21.03.1999 | Apollon Smyrnis | - | Paniliakos Pyrgos | 5:0 | ||||
| 25. Journée | 28.03.1999 | AO Proodeftiki | - | Apollon Smyrnis | 0:1 | ||||
| 26. Journée | 17.04.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ethnikos Asteras | 2:2 | ||||
| 27. Journée | 25.04.1999 | PAOK Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 3:1 | |
|||
| 28. Journée | 02.05.1999 | Apollon Smyrnis | - | Ionikos Nikea | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 09.05.1999 | Aris Saloniki | - | Apollon Smyrnis | 2:1 | |
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