| Groupe I | 15.09.2016 | RB Salzburg | - | FK Krasnodar | 0:1 | ||||
| Groupe I | 29.09.2016 | FK Krasnodar | - | OGC Nice | 5:2 | ||||
| Groupe I | 20.10.2016 | FK Krasnodar | - | FC Schalke 04 | 0:1 | ||||
| Groupe I | 03.11.2016 | FC Schalke 04 | - | FK Krasnodar | 2:0 | ||||
| Seizièmes de finale | 16.02.2017 | FK Krasnodar | - | Fenerbahçe | 1:0 |  |
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| Seizièmes de finale | 22.02.2017 | Fenerbahçe | - | FK Krasnodar | 1:1 | ||||
| tour des 16 | 09.03.2017 | RC Celta | - | FK Krasnodar | 2:1 | ||||
| tour des 16 | 16.03.2017 | FK Krasnodar | - | RC Celta | 0:2 |
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