| 3. Journée | 05.04.2009 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:3 | ||||
| 5. Journée | 18.04.2009 | FK Tom Tomsk | - | Spartak Nalchik | 1:0 | ||||
| 6. Journée | 26.04.2009 | FK Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 11.05.2009 | Rubin Kazan | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 11. Journée | 30.05.2009 | FK Tom Tomsk | - | Dinamo Moskva | 2:3 | ||||
| 13. Journée | 12.07.2009 | Lokomotiv Moskva | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 14. Journée | 19.07.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 4:0 | ||||
| 15. Journée | 25.07.2009 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 01.08.2009 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 2:3 | ||||
| 17. Journée | 09.08.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 0:2 | ||||
| 19. Journée | 22.08.2009 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 29.08.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Moskva | 0:0 | ||||
| 21. Journée | 13.09.2009 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 22. Journée | 20.09.2009 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 0:0 | ||||
| 26. Journée | 25.10.2009 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 07.11.2009 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:3 | ||||
| 29. Journée | 21.11.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 2:1 |
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