| 26. Journée | 16.03.2016 | Gazovik Orenburg | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 27. Journée | 20.03.2016 | FK Tom Tomsk | - | Shinnik Yaroslavl | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 03.04.2016 | FK Tom Tomsk | - | Enisey Krasnoyarsk | 2:1 | ||||
| 30. Journée | 07.04.2016 | FK Tyumen | - | FK Tom Tomsk | 1:1 |  |
|||
| 31. Journée | 11.04.2016 | FK Tom Tomsk | - | Luch-Energiya Vladivostok | 0:2 | ||||
| 38. Journée | 21.05.2016 | Spartak Moskva 2 | - | FK Tom Tomsk | 0:1 |
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