| 8. Journée | 03.05.2008 | Terek Grozny | - | FK Tom Tomsk | 1:3 |  |
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| 12. Journée | 06.07.2008 | Zenit St. Petersburg | - | FK Tom Tomsk | 5:1 | ||||
| 19. Journée | 23.08.2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 0:1 | ||||
| 20. Journée | 31.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:4 | |
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| 21. Journée | 13.09.2008 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | |
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| 22. Journée | 21.09.2008 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:0 | |
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| 24. Journée | 04.10.2008 | FK Tom Tomsk | - | Lokomotiv Moskva | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 18.10.2008 | Luch-Energiya Vladivostok | - | FK Tom Tomsk | 0:0 | |
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| 26. Journée | 26.10.2008 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 02.11.2008 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 29. Journée | 16.11.2008 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 0:1 | |
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| 30. Journée | 22.11.2008 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |
Russie