| 1. Journée | 01.08.2016 | FK Krasnodar | - | FK Tom Tomsk | 3:0 |  |
|||
| 3. Journée | 14.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | FK Ufa | 1:0 |  |
|||
| 4. Journée | 20.08.2016 | FK Rostov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | |
|||
| 5. Journée | 27.08.2016 | FK Tom Tomsk | - | CSKA Moskva | 0:1 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2016 | FK Amkar Perm | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 17.09.2016 | FK Tom Tomsk | - | Arsenal Tula | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 03.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Rostov | 0:6 | ||||
| 19. Journée | 11.03.2017 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 4:0 | ||||
| 20. Journée | 18.03.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Amkar Perm | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 01.04.2017 | Arsenal Tula | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 22. Journée | 10.04.2017 | FK Tom Tomsk | - | Rubin Kazan | 2:2 | ||||
| 23. Journée | 16.04.2017 | FK Ural | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 23.04.2017 | FK Tom Tomsk | - | FK Orenburg | 1:2 | ||||
| 25. Journée | 27.04.2017 | Anzhi Makhachkala | - | FK Tom Tomsk | 3:3 | ||||
| 26. Journée | 01.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Zenit St. Petersburg | 0:2 | ||||
| 27. Journée | 06.05.2017 | Spartak Moskva | - | FK Tom Tomsk | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 14.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 1:2 | ||||
| 29. Journée | 17.05.2017 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:2 | |
Moldavie