| 7. Journée | 08.09.1999 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 10. Journée | 27.09.1999 | Bayern München II | - | SV Lohhof | 4:2 | ||||
| 15. Journée | 31.10.1999 | Bayern München II | - | FSV Frankfurt | 5:2 | ||||
| 18. Journée | 11.12.1999 | Bayern München II | - | SV Darmstadt 98 | 1:2 | ||||
| 19. Journée | 01.03.2000 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 05.03.2000 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 4:3 | ||||
| 22. Journée | 12.03.2000 | Bayern München II | - | FC Augsburg | 3:0 | ||||
| 23. Journée | 17.03.2000 | Borussia Fulda | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 20.04.2000 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 28. Journée | 23.04.2000 | Bayern München II | - | TSF Ditzingen | 2:1 | ||||
| 29. Journée | 28.04.2000 | VfR Mannheim | - | Bayern München II | 3:3 | ||||
| 30. Journée | 06.05.2000 | SSV Reutlingen | - | Bayern München II | 3:1 |  |
|||
| 31. Journée | 14.05.2000 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 1:6 | ||||
| 32. Journée | 17.05.2000 | FSV Frankfurt | - | Bayern München II | 2:3 | ||||
| 33. Journée | 21.05.2000 | Bayern München II | - | Quelle Fürth | 3:0 | ||||
| 34. Journée | 27.05.2000 | SC Pfullendorf | - | Bayern München II | 0:1 |
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