| 1. Journée | 11.03.2000 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 0:1 |  |
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| 2. Journée | 18.03.2000 | FC Tokyo | - | Avispa Fukuoka | 2:0 | ||||
| 3. Journée | 25.03.2000 | FC Tokyo | - | Nagoya Grampus Eight | 2:1 ap | ||||
| 4. Journée | 01.04.2000 | Kashiwa Reysol | - | FC Tokyo | 3:2 ap | |
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| 5. Journée | 05.04.2000 | FC Tokyo | - | Júbilo Iwata | 3:2 | |
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| 6. Journée | 08.04.2000 | Kashima Antlers | - | FC Tokyo | 2:1 | |
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| 7. Journée | 15.04.2000 | FC Tokyo | - | Gamba Osaka | 1:3 | ||||
| 8. Journée | 22.04.2000 | Sanfrecce Hiroshima | - | FC Tokyo | 0:1 | ||||
| 9. Journée | 29.04.2000 | FC Tokyo | - | Kyoto Purple Sanga | 3:0 | |
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| 11. Journée | 06.05.2000 | FC Tokyo | - | Kawasaki Frontale | 2:1 | |
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| 12. Journée | 13.05.2000 | FC Tokyo | - | Cerezo Osaka | 1:2 | ||||
| 13. Journée | 17.05.2000 | JEF United Ichihara | - | FC Tokyo | 1:3 | |
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| 14. Journée | 20.05.2000 | FC Tokyo | - | Vissel Kobe | 1:2 | |
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| 15. Journée | 27.05.2000 | Verdy Kawasaki | - | FC Tokyo | 3:0 |
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