| 1. Journée | 31.07.1998 | FC St. Pauli | - | TeBe Berlin | 1:0 |  |
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| 2. Journée | 09.08.1998 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 3. Journée | 13.08.1998 | FC St. Pauli | - | SG Wattenscheid 09 | 1:0 | ||||
| 4. Journée | 17.08.1998 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 5. Journée | 24.08.1998 | FC St. Pauli | - | Arminia Bielefeld | 1:2 | ||||
| 6. Journée | 14.09.1998 | 1. FC Köln | - | FC St. Pauli | 1:4 |  |
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| 7. Journée | 20.09.1998 | FC St. Pauli | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 27.09.1998 | Hannover 96 | - | FC St. Pauli | 3:0 | |
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| 9. Journée | 02.10.1998 | FC St. Pauli | - | SSV Ulm 1846 | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 18.10.1998 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 11. Journée | 25.10.1998 | FC Gütersloh | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 12. Journée | 01.11.1998 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 1:1 | ||||
| 13. Journée | 08.11.1998 | Rot-Weiß Oberhausen | - | FC St. Pauli | 3:2 |  |
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| 15. Journée | 20.11.1998 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:2 | ||||
| 16. Journée | 01.12.1998 | FC St. Pauli | - | KFC Uerdingen 05 | 2:3 | ||||
| 19. Journée | 20.12.1998 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 22.02.1999 | Stuttgarter Kickers | - | FC St. Pauli | 1:3 |
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