| 22. Journée | 24.02.2021 | Dynamo Dresden | - | Bayern München II | 1:1 |  |
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| 26. Journée | 01.03.2021 | Waldhof Mannheim | - | Bayern München II | 2:2 | |
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| 27. Journée | 07.03.2021 | Bayern München II | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:0 | ||||
| 28. Journée | 13.03.2021 | Bayern München II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 30. Journée | 03.04.2021 | Bayern München II | - | VfB Lübeck | 2:3 |  |
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| 31. Journée | 10.04.2021 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 32. Journée | 16.04.2021 | Bayern München II | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 20.04.2021 | FSV Zwickau | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 26.04.2021 | Bayern München II | - | 1. FC Saarbrücken | 0:4 | |
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| 36. Journée | 09.05.2021 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 1:2 | ||||
| 38. Journée | 22.05.2021 | Bayern München II | - | Hallescher FC | 0:1 |
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