| 19. Journée | 26.01.2001 | Waldhof Mannheim | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 20. Journée | 01.03.2001 | FC St. Pauli | - | SSV Reutlingen | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 05.03.2001 | FC St. Pauli | - | Bor. Mönchengladbach | 0:2 | ||||
| 25. Journée | 11.03.2001 | SpVgg Greuther Fürth | - | FC St. Pauli | 5:1 |  |
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| 26. Journée | 18.03.2001 | FC St. Pauli | - | Chemnitzer FC | 3:0 | |
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| 28. Journée | 08.04.2001 | FC St. Pauli | - | VfL Osnabrück | 2:4 | |
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| 29. Journée | 15.04.2001 | SSV Ulm 1846 | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 30. Journée | 21.04.2001 | FC St. Pauli | - | Rot-Weiß Oberhausen | 4:1 | |
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| 31. Journée | 28.04.2001 | 1. FSV Mainz 05 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 32. Journée | 05.05.2001 | Alemannia Aachen | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 33. Journée | 13.05.2001 | FC St. Pauli | - | Hannover 96 | 2:2 |
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