| 27. Journée | 17.01.2006 | Colchester United | - | Bristol City | 3:2 | ||||
| 29. Journée | 21.01.2006 | Colchester United | - | Port Vale FC | 2:1 | ||||
| 36. Journée | 04.03.2006 | Colchester United | - | Southend United | 0:3 | ||||
| 37. Journée | 11.03.2006 | Oldham Athletic | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 38. Journée | 18.03.2006 | Colchester United | - | Swindon Town | 1:0 | ||||
| 30. Journée | 21.03.2006 | Doncaster Rovers | - | Colchester United | 0:0 | ||||
| 39. Journée | 25.03.2006 | Scunthorpe United | - | Colchester United | 0:0 |  |
|||
| 40. Journée | 01.04.2006 | Colchester United | - | Brentford FC | 1:1 | ||||
| 34. Journée | 11.04.2006 | Colchester United | - | Hartlepool United | 2:0 | ||||
| 42. Journée | 15.04.2006 | Chesterfield FC | - | Colchester United | 2:2 | ||||
| 43. Journée | 17.04.2006 | Colchester United | - | Tranmere Rovers | 1:0 | ||||
| 44. Journée | 22.04.2006 | AFC Bournemouth | - | Colchester United | 1:2 | ||||
| 45. Journée | 29.04.2006 | Colchester United | - | Rotherham United | 2:0 | ||||
| 46. Journée | 06.05.2006 | Yeovil Town | - | Colchester United | 0:0 |
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