| 19. Journée | 06.02.2016 | FC Schönberg 95 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 21. Journée | 21.02.2016 | FC Viktoria 1889 Berlin | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 22. Journée | 27.02.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | ZFC Meuselwitz | 0:2 | ||||
| 24. Journée | 13.03.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | Optik Rathenow | 3:2 |  |
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| 25. Journée | 20.03.2016 | FSV 63 Luckenwalde | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | |
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| 26. Journée | 03.04.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Nordhausen | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 06.04.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | BFC Dynamo | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 10.04.2016 | TSG Neustrelitz | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 19.04.2016 | Berliner AK 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 30. Journée | 23.04.2016 | FC Carl Zeiss Jena | - | RB Leipzig II | 1:3 | ||||
| 31. Journée | 29.04.2016 | FC Oberlausitz | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 15.05.2016 | FSV Zwickau | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 |
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