| 11. Journée | 05.10.2011 | FC Ingolstadt 04 II | - | Hessen Kassel | 3:1 | ||||
| 13. Journée | 15.10.2011 | FC Memmingen | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:2 | ||||
| 15. Journée | 30.10.2011 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:3 | ||||
| 22. Journée | 04.03.2012 | FSV Frankfurt II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 | ||||
| 23. Journée | 10.03.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | Eintracht Frankfurt II | 0:1 |  |
|||
| 31. Journée | 29.04.2012 | Stuttgarter Kickers | - | FC Ingolstadt 04 II | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 02.05.2012 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 05.05.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:1 | ||||
| 34. Journée | 18.05.2012 | FC Ingolstadt 04 II | - | Karlsruher SC II | 2:3 |
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