| 5. Journée | 30.08.2008 | Rot-Weiß Erfurt | - | Werder Bremen II | 3:1 | ||||
| 14. Journée | 08.11.2008 | Werder Bremen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 12. Journée | 12.11.2008 | Werder Bremen II | - | Dynamo Dresden | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 15.11.2008 | VfR Aalen | - | Werder Bremen II | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 28.11.2008 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 2:3 |  |
|||
| 16. Journée | 03.12.2008 | Werder Bremen II | - | Wacker Burghausen | 2:2 | ||||
| 18. Journée | 07.12.2008 | Stuttgarter Kickers | - | Werder Bremen II | 3:2 | |
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| 19. Journée | 14.12.2008 | Werder Bremen II | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 25.04.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 3:1 | ||||
| 34. Journée | 03.05.2009 | Werder Bremen II | - | VfR Aalen | 3:1 | ||||
| 35. Journée | 08.05.2009 | Wacker Burghausen | - | Werder Bremen II | 2:2 | |
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| 36. Journée | 12.05.2009 | SC Paderborn 07 | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 37. Journée | 16.05.2009 | Werder Bremen II | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 |  |
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| 38. Journée | 23.05.2009 | Fortuna Düsseldorf | - | Werder Bremen II | 1:0 |
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