| 1. Journée | 03.08.2012 | Hertha BSC | - | SC Paderborn 07 | 2:2 | ||||
| 4. Journée | 02.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | FC Ingolstadt 04 | 1:3 |  |
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| 5. Journée | 16.09.2012 | Erzgebirge Aue | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | |
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| 6. Journée | 22.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | SV Sandhausen | 3:0 | |
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| 7. Journée | 25.09.2012 | Energie Cottbus | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 05.10.2012 | FSV Frankfurt | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 21.10.2012 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 11. Journée | 28.10.2012 | 1. FC Union Berlin | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | |
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| 12. Journée | 02.11.2012 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 13. Journée | 10.11.2012 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:1 | ||||
| 15. Journée | 23.11.2012 | SC Paderborn 07 | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 16. Journée | 27.11.2012 | TSV 1860 München | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | |
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| 17. Journée | 02.12.2012 | SC Paderborn 07 | - | MSV Duisburg | 0:2 | ||||
| 19. Journée | 16.12.2012 | VfL Bochum | - | SC Paderborn 07 | 4:0 |
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