| 1. Journée | 03.08.2012 | Hertha BSC | - | SC Paderborn 07 | 2:2 |  |
|||
| 2. Journée | 11.08.2012 | SC Paderborn 07 | - | VfL Bochum | 4:0 | ||||
| 3. Journée | 24.08.2012 | Eintracht Braunschweig | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | ||||
| 4. Journée | 02.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | FC Ingolstadt 04 | 1:3 | ||||
| 5. Journée | 16.09.2012 | Erzgebirge Aue | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 8. Journée | 28.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 05.10.2012 | FSV Frankfurt | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 21.10.2012 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 02.11.2012 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 0:2 | ||||
| 17. Journée | 02.12.2012 | SC Paderborn 07 | - | MSV Duisburg | 0:2 | ||||
| 19. Journée | 16.12.2012 | VfL Bochum | - | SC Paderborn 07 | 4:0 | ||||
| 20. Journée | 02.02.2013 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Braunschweig | 1:2 | ||||
| 22. Journée | 15.02.2013 | SC Paderborn 07 | - | Erzgebirge Aue | 2:0 |  |
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| 23. Journée | 24.02.2013 | SV Sandhausen | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | ||||
| 24. Journée | 01.03.2013 | SC Paderborn 07 | - | Energie Cottbus | 0:1 | ||||
| 25. Journée | 09.03.2013 | 1. FC Köln | - | SC Paderborn 07 | 3:0 |
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