| 10. Journée | 09.09.2016 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Augsburg II | 3:0 | ||||
| 11. Journée | 17.09.2016 | FC Augsburg II | - | VfR Garching | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 23.09.2016 | FC Memmingen | - | FC Augsburg II | 2:2 | ||||
| 14. Journée | 07.10.2016 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 19.10.2016 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 München II | 1:0 | ||||
| 16. Journée | 22.10.2016 | FC Augsburg II | - | SV Schalding-Heining | 3:0 | ||||
| 18. Journée | 05.11.2016 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Augsburg II | 1:4 | ||||
| 19. Journée | 12.11.2016 | FC Augsburg II | - | FV Illertissen | 2:0 | ||||
| 20. Journée | 18.11.2016 | FC Augsburg II | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 26.11.2016 | TSV Buchbach | - | FC Augsburg II | 2:1 |  |
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