| 1er tour | 14.09.2006 | Lokomotiv Moskva | - | SV Zulte Waregem | 2:1 | ||||
| 1er tour | 28.09.2006 | SV Zulte Waregem | - | Lokomotiv Moskva | 2:0 |  |
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| Groupe F | 19.10.2006 | Austria Wien | - | SV Zulte Waregem | 1:4 | |
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| Groupe F | 02.11.2006 | SV Zulte Waregem | - | AC Sparta Praha | 3:1 | ||||
| Groupe F | 23.11.2006 | Espanyol Barcelona | - | SV Zulte Waregem | 6:2 | |
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| Groupe F | 13.12.2006 | SV Zulte Waregem | - | AFC Ajax | 0:3 | ||||
| 3e tour | 15.02.2007 | SV Zulte Waregem | - | Newcastle United | 1:3 |  |
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| 3e tour | 22.02.2007 | Newcastle United | - | SV Zulte Waregem | 1:0 |
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