| 1. Journée | 17.07.2016 | Bayern München II | - | FV Illertissen | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 23.07.2016 | SV Seligenporten | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 9. Journée | 02.09.2016 | Bayern München II | - | TSV 1860 Rosenheim | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 10.09.2016 | VfR Garching | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 15.10.2016 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 2:2 |  |
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| 22. Journée | 03.03.2017 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 0:1 |  |
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| 24. Journée | 19.03.2017 | TSV 1860 Rosenheim | - | Bayern München II | 2:1 |  |
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| 26. Journée | 31.03.2017 | Bayern München II | - | VfR Garching | 2:1 | ||||
| 27. Journée | 07.04.2017 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 1:1 | |
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| 28. Journée | 13.04.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:2 | |
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| 29. Journée | 17.04.2017 | Bayern München II | - | SpVgg Bayern Hof | 5:0 |
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