| 11. Journée | 15.10.2016 | VfR Aalen | - | Sportfreunde Lotte | 1:1 | ||||
| 12. Journée | 22.10.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 13. Journée | 29.10.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Fortuna Köln | 0:1 |  |
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| 15. Journée | 19.11.2016 | Sportfreunde Lotte | - | SC Paderborn 07 | 6:0 | ||||
| 16. Journée | 26.11.2016 | VfL Osnabrück | - | Sportfreunde Lotte | 3:0 | |
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| 17. Journée | 04.12.2016 | Sportfreunde Lotte | - | MSV Duisburg | 0:2 | |
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| 18. Journée | 11.12.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Sportfreunde Lotte | 0:2 | ||||
| 19. Journée | 17.12.2016 | Sportfreunde Lotte | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | |
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| 20. Journée | 28.01.2017 | Sportfreunde Lotte | - | Werder Bremen II | 1:2 | |
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| 23. Journée | 18.02.2017 | Rot-Weiß Erfurt | - | Sportfreunde Lotte | 0:3 | ||||
| 25. Journée | 04.03.2017 | Jahn Regensburg | - | Sportfreunde Lotte | 2:0 |
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