| 1. Journée | 30.07.2005 | Wuppertaler SV | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 2. Journée | 03.08.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | Bayer Leverkusen II | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 06.08.2005 | Hertha BSC II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 |  |
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| 4. Journée | 13.08.2005 | FC Carl Zeiss Jena | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 5. Journée | 20.08.2005 | Chemnitzer FC | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:3 | ||||
| 21. Journée | 10.12.2005 | Bayer Leverkusen II | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 17.03.2006 | SG Wattenscheid 09 | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:3 | ||||
| 23. Journée | 21.03.2006 | Preußen Münster | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 29. Journée | 25.03.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiss Essen | 3:1 | ||||
| 30. Journée | 01.04.2006 | 1. FC Köln II | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |
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