| 5. Journée | 15.09.2012 | Eintracht Braunschweig | - | Jahn Regensburg | 1:0 |  |
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| 8. Journée | 28.09.2012 | Jahn Regensburg | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 9. Journée | 07.10.2012 | Erzgebirge Aue | - | Jahn Regensburg | 3:1 | |
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| 10. Journée | 20.10.2012 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Köln | 2:3 | ||||
| 18. Journée | 09.12.2012 | Jahn Regensburg | - | TSV 1860 München | 1:1 | ||||
| 19. Journée | 16.12.2012 | MSV Duisburg | - | Jahn Regensburg | 4:2 | ||||
| 29. Journée | 14.04.2013 | SC Paderborn 07 | - | Jahn Regensburg | 0:0 | ||||
| 30. Journée | 19.04.2013 | Jahn Regensburg | - | FC Ingolstadt 04 | 1:2 | ||||
| 31. Journée | 26.04.2013 | 1. FC Union Berlin | - | Jahn Regensburg | 1:0 | |
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| 32. Journée | 03.05.2013 | VfR Aalen | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 33. Journée | 12.05.2013 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 | ||||
| 34. Journée | 19.05.2013 | Dynamo Dresden | - | Jahn Regensburg | 3:1 | |
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