| 1. Journée | 14.08.2016 | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 2:2 |  |
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| 2. Journée | 17.08.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | RB Leipzig [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 4. Journée | 27.08.2016 | Hertha BSC [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 6:3 | ||||
| 5. Journée | 11.09.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hannover 96 [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 6. Journée | 16.09.2016 | Hamburger SV [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 3:1 | ||||
| 7. Journée | 24.09.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Holstein Kiel [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 11. Journée | 05.11.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | VfL Wolfsburg [A-jeun] | 0:2 | ||||
| 14. Journée | 03.12.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | FC Carl Zeiss Jena [A-jeun] | 0:1 | ||||
| 15. Journée | 10.12.2016 | RB Leipzig [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 7:1 | ||||
| 16. Journée | 05.02.2017 | VfL Osnabrück [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 17. Journée | 11.02.2017 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hertha BSC [A-jeun] | 2:3 | ||||
| 22. Journée | 01.04.2017 | Eintracht Braunschweig [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 0:3 | |
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| 26. Journée | 06.05.2017 | Werder Bremen [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:2 |
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