| 21. Journée | 01.03.2003 | Preußen Münster | - | Rot-Weiss Essen | 0:3 |  |
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| 22. Journée | 08.03.2003 | SC Verl | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 15.03.2003 | Preußen Münster | - | Hamburger SV II | 2:1 | |
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| 24. Journée | 21.03.2003 | Holstein Kiel | - | Preußen Münster | 0:0 | ||||
| 25. Journée | 05.04.2003 | Preußen Münster | - | Dresdner SC | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 12.04.2003 | Borussia Dortmund II | - | Preußen Münster | 0:2 | ||||
| 27. Journée | 19.04.2003 | Preußen Münster | - | Erzgebirge Aue | 0:2 | ||||
| 29. Journée | 03.05.2003 | Preußen Münster | - | VfL Osnabrück | 2:1 | ||||
| 28. Journée | 06.05.2003 | Bayer Leverkusen II | - | Preußen Münster | 1:1 | ||||
| 30. Journée | 11.05.2003 | KFC Uerdingen 05 | - | Preußen Münster | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 16.05.2003 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 4:1 |  |
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| 32. Journée | 24.05.2003 | Werder Bremen II | - | Preußen Münster | 1:1 | |
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| 33. Journée | 01.06.2003 | Preußen Münster | - | SV Babelsberg 03 | 3:2 | ||||
| 34. Journée | 08.06.2003 | Dynamo Dresden | - | Preußen Münster | 3:2 | |
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