| 6. Journée | 01.09.2006 | Sportfreunde Siegen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 8. Journée | 17.09.2006 | SSV Reutlingen | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2006 | FK Pirmasens | - | Bayern München II | 0:2 | ||||
| 12. Journée | 20.10.2006 | Stuttgarter Kickers | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 11.11.2006 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 17. Journée | 18.11.2006 | SV Darmstadt 98 | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2006 | Hessen Kassel | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 22. Journée | 03.03.2007 | SV 07 Elversberg | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 17.03.2007 | VfR Aalen | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 26. Journée | 07.04.2007 | Karlsruher SC II | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 21.04.2007 | 1. FC Kaiserslautern II | - | Bayern München II | 2:3 | ||||
| 30. Journée | 06.05.2007 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 4:0 |  |
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| 34. Journée | 02.06.2007 | Bayern München II | - | SV Darmstadt 98 | 2:0 |
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