| 3e tour | 28.10.1998 | Talavera CF | - | Villarreal CF | 0:1 |  |
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| 4e tour | 16.12.1998 | Villarreal CF | - | Sevilla FC | 2:2 |  |
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| 4e tour | 13.01.1999 | Sevilla FC | - | Villarreal CF | 1:3 | ||||
| tour des 16 | 21.01.1999 | Real Madrid | - | Villarreal CF | 2:0 | ||||
| tour des 16 | 03.02.1999 | Villarreal CF | - | Real Madrid | 0:2 | |
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