| 1er tour | 24.09.2003 | AJ Auxerre | - | Neuchâtel Xamax FC | 1:0 | ||||
| 1er tour | 15.10.2003 | Neuchâtel Xamax FC | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| 2e tour | 06.11.2003 | FC Utrecht | - | AJ Auxerre | 0:0 | ||||
| 2e tour | 27.11.2003 | AJ Auxerre | - | FC Utrecht | 4:0 | ||||
| 3e tour | 26.02.2004 | AJ Auxerre | - | Panathinaikos | 0:0 | ||||
| 3e tour | 03.03.2004 | Panathinaikos | - | AJ Auxerre | 0:1 | ||||
| tour des 16 | 11.03.2004 | AJ Auxerre | - | PSV Eindhoven | 1:1 |  |
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