| 1. Journée | 05.08.2006 | Wuppertaler SV | - | FC St. Pauli | 3:1 |  |
|||
| 2. Journée | 09.08.2006 | Hamburger SV II | - | Wuppertaler SV | 1:4 | ||||
| 3. Journée | 12.08.2006 | Wuppertaler SV | - | Holstein Kiel | 1:1 | ||||
| 4. Journée | 19.08.2006 | Bor. Mönchengladbach II | - | Wuppertaler SV | 2:1 | ||||
| 5. Journée | 25.08.2006 | Wuppertaler SV | - | Rot Weiss Ahlen | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 02.09.2006 | VfL Osnabrück | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 7. Journée | 08.09.2006 | Wuppertaler SV | - | Fortuna Düsseldorf | 1:1 | ||||
| 8. Journée | 16.09.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wuppertaler SV | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 23.09.2006 | Wuppertaler SV | - | Dynamo Dresden | 3:1 | ||||
| 10. Journée | 30.09.2006 | 1. FC Magdeburg | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 12. Journée | 21.10.2006 | Wuppertaler SV | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 13. Journée | 28.10.2006 | VfB Lübeck | - | Wuppertaler SV | 5:0 | ||||
| 28. Journée | 27.03.2007 | Dynamo Dresden | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 33. Journée | 28.04.2007 | Werder Bremen II | - | Wuppertaler SV | 1:2 |
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