| 24. Journée | 01.03.2009 | Wuppertaler SV | - | 1. FC Union Berlin | 0:1 |  |
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| 22. Journée | 11.03.2009 | Wuppertaler SV | - | VfB Stuttgart II | 2:0 | ||||
| 26. Journée | 14.03.2009 | Dynamo Dresden | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 22.03.2009 | Wuppertaler SV | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | ||||
| 28. Journée | 28.03.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wuppertaler SV | 0:0 | ||||
| 29. Journée | 01.04.2009 | Wuppertaler SV | - | VfR Aalen | 5:0 |  |
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| 30. Journée | 07.04.2009 | Werder Bremen II | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 31. Journée | 11.04.2009 | Wuppertaler SV | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 21. Journée | 15.04.2009 | Bayern München II | - | Wuppertaler SV | 2:0 | ||||
| 32. Journée | 18.04.2009 | Stuttgarter Kickers | - | Wuppertaler SV | 0:1 | |
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| 33. Journée | 24.04.2009 | Wuppertaler SV | - | Fortuna Düsseldorf | 0:0 | ||||
| 35. Journée | 09.05.2009 | Wuppertaler SV | - | SV Sandhausen | 1:0 | ||||
| 36. Journée | 12.05.2009 | Jahn Regensburg | - | Wuppertaler SV | 2:0 | |
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| 37. Journée | 16.05.2009 | Wuppertaler SV | - | Erzgebirge Aue | 1:0 | |
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| 38. Journée | 23.05.2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wuppertaler SV | 2:2 | |
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