| 27. Journée | 05.01.2013 | Bristol Rovers | - | Gillingham FC | 0:2 | ||||
| 28. Journée | 12.01.2013 | Gillingham FC | - | Port Vale FC | 1:2 | ||||
| 30. Journée | 26.01.2013 | Gillingham FC | - | York City | 1:1 |  |
|||
| 25. Journée | 29.01.2013 | Gillingham FC | - | Northampton Town | 2:0 | ||||
| 31. Journée | 04.02.2013 | Gillingham FC | - | Wycombe Wanderers | 0:1 | ||||
| 34. Journée | 23.02.2013 | Chesterfield FC | - | Gillingham FC | 0:1 | ||||
| 35. Journée | 26.02.2013 | Gillingham FC | - | Oxford United | 0:1 | ||||
| 36. Journée | 02.03.2013 | Aldershot Town | - | Gillingham FC | 1:1 | ||||
| 37. Journée | 09.03.2013 | Gillingham FC | - | Plymouth Argyle | 2:1 | ||||
| 38. Journée | 12.03.2013 | Exeter City | - | Gillingham FC | 0:0 | ||||
| 40. Journée | 23.03.2013 | Gillingham FC | - | Accrington Stanley | 1:0 | ||||
| 42. Journée | 01.04.2013 | Gillingham FC | - | Rotherham United | 1:0 | ||||
| 43. Journée | 06.04.2013 | Gillingham FC | - | Torquay United | 1:0 | ||||
| 44. Journée | 13.04.2013 | Cheltenham Town | - | Gillingham FC | 1:0 | ||||
| 45. Journée | 20.04.2013 | Gillingham FC | - | AFC Wimbledon | 2:2 | ||||
| 46. Journée | 27.04.2013 | Burton Albion | - | Gillingham FC | 3:2 |
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