| 24. Journée | 24.02.2007 | SpVgg Bayern Hof | - | Wacker Burghausen II | 5:0 | ||||
| 25. Journée | 03.03.2007 | Wacker Burghausen II | - | SpVgg Unterhaching II | 1:0 | ||||
| 26. Journée | 10.03.2007 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Wacker Burghausen II | 2:3 | ||||
| 27. Journée | 17.03.2007 | Wacker Burghausen II | - | SpVgg Weiden | 0:1 | ||||
| 28. Journée | 24.03.2007 | 1. FC Bad Kötzting | - | Wacker Burghausen II | 3:2 | ||||
| 29. Journée | 31.03.2007 | Wacker Burghausen II | - | TSV Großbardorf | 3:1 | ||||
| 30. Journée | 07.04.2007 | 1. FC Eintracht Bamberg | - | Wacker Burghausen II | 3:0 | ||||
| 31. Journée | 14.04.2007 | Wacker Burghausen II | - | FC Memmingen | 0:5 | ||||
| 32. Journée | 21.04.2007 | 1. SC Feucht | - | Wacker Burghausen II | 2:4 | ||||
| 33. Journée | 28.04.2007 | Wacker Burghausen II | - | SV Heimstetten | 3:1 | ||||
| 34. Journée | 06.05.2007 | TSV Aindling | - | Wacker Burghausen II | 2:0 | ||||
| 35. Journée | 12.05.2007 | Wacker Burghausen II | - | Würzburger FV | 0:2 | ||||
| 36. Journée | 20.05.2007 | 1. FC Nürnberg II | - | Wacker Burghausen II | 4:1 | ||||
| 37. Journée | 26.05.2007 | Wacker Burghausen II | - | FC Ismaning | 0:2 |
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