| 1. Journée | 04.08.2006 | Werder Bremen II | - | SV Wilhelmshaven | 2:1 | ||||
| 2. Journée | 09.08.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Hertha BSC II | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 13.08.2006 | 1. FC Union Berlin | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 25.08.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 16.09.2006 | Hamburger SV II | - | SV Wilhelmshaven | 3:1 | ||||
| 17. Journée | 18.11.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Wuppertaler SV | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 25.11.2006 | Borussia Dortmund II | - | SV Wilhelmshaven | 2:1 | ||||
| 19. Journée | 02.12.2006 | SV Wilhelmshaven | - | VfB Lübeck | 1:3 | ||||
| 31. Journée | 13.04.2007 | SV Wilhelmshaven | - | VfL Osnabrück | 1:0 | ||||
| 32. Journée | 21.04.2007 | Fortuna Düsseldorf | - | SV Wilhelmshaven | 1:1 |  |
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| 33. Journée | 28.04.2007 | SV Wilhelmshaven | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:5 | |
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| 34. Journée | 05.05.2007 | Dynamo Dresden | - | SV Wilhelmshaven | 3:1 | |
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| 37. Journée | 26.05.2007 | SV Wilhelmshaven | - | Borussia Dortmund II | 0:2 |
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