| 3. Journée | 21.08.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | VfL Osnabrück [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 7. Journée | 24.09.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Holstein Kiel [A-jeun] | 1:2 | ||||
| 8. Journée | 16.10.2016 | Dynamo Dresden [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:3 | ||||
| 9. Journée | 22.10.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Eintracht Braunschweig [A-jeun] | 2:1 | ||||
| 10. Journée | 30.10.2016 | JFV Nordwest [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:3 | ||||
| 12. Journée | 20.11.2016 | Energie Cottbus [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 27.11.2016 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Werder Bremen [A-jeun] | 1:0 | ||||
| 18. Journée | 18.02.2017 | Hannover 96 [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 1:3 |  |
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| 19. Journée | 26.02.2017 | FC St. Pauli [A-jeun] | - | Hamburger SV [A-jeun] | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 04.03.2017 | Holstein Kiel [A-jeun] | - | FC St. Pauli [A-jeun] | 5:1 |
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