| 1. Journée | 26.07.2008 | Kickers Emden | - | Wuppertaler SV | 1:0 | ||||
| 2. Journée | 02.08.2008 | Wuppertaler SV | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 3. Journée | 16.08.2008 | VfB Stuttgart II | - | Wuppertaler SV | 2:0 | ||||
| 4. Journée | 23.08.2008 | Wuppertaler SV | - | Kickers Offenbach | 2:1 | ||||
| 5. Journée | 30.08.2008 | 1. FC Union Berlin | - | Wuppertaler SV | 0:0 |  |
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| 6. Journée | 13.09.2008 | Wuppertaler SV | - | Wacker Burghausen | 2:4 | ||||
| 11. Journée | 24.10.2008 | Wuppertaler SV | - | Werder Bremen II | 2:1 | |
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| 12. Journée | 28.10.2008 | SC Paderborn 07 | - | Wuppertaler SV | 0:1 | ||||
| 13. Journée | 31.10.2008 | Wuppertaler SV | - | Stuttgarter Kickers | 3:3 | ||||
| 14. Journée | 08.11.2008 | Fortuna Düsseldorf | - | Wuppertaler SV | 3:1 | ||||
| 15. Journée | 15.11.2008 | Wuppertaler SV | - | SpVgg Unterhaching | 2:4 | ||||
| 16. Journée | 22.11.2008 | SV Sandhausen | - | Wuppertaler SV | 1:1 | ||||
| 27. Journée | 22.03.2009 | Wuppertaler SV | - | Eintracht Braunschweig | 1:0 | |
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| 34. Journée | 03.05.2009 | SpVgg Unterhaching | - | Wuppertaler SV | 1:1 |
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