| 1. Journée | 05.08.2006 | Bayern München II | - | Hessen Kassel | 0:2 |  |
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| 5. Journée | 27.08.2006 | Bayern München II | - | SV 07 Elversberg | 4:4 |  |
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| 6. Journée | 01.09.2006 | Sportfreunde Siegen | - | Bayern München II | 0:0 | |
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| 7. Journée | 10.09.2006 | Bayern München II | - | VfR Aalen | 2:2 | |
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| 8. Journée | 17.09.2006 | SSV Reutlingen | - | Bayern München II | 0:2 | |
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| 9. Journée | 24.09.2006 | Bayern München II | - | Karlsruher SC II | 1:1 | |
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| 10. Journée | 30.09.2006 | FK Pirmasens | - | Bayern München II | 0:2 | |
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| 11. Journée | 15.10.2006 | Bayern München II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 0:0 |  |
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| 13. Journée | 29.10.2006 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 4:1 | ||||
| 14. Journée | 04.11.2006 | SV Wehen-Taunusstein | - | Bayern München II | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 07.11.2006 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 | 2:1 | |
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| 17. Journée | 18.11.2006 | SV Darmstadt 98 | - | Bayern München II | 2:2 | |
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| 18. Journée | 25.11.2006 | Hessen Kassel | - | Bayern München II | 1:1 | |
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| 19. Journée | 03.12.2006 | Bayern München II | - | SC Pfullendorf | 1:0 |
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