| 6. Journée | 29.08.2009 | VfL Osnabrück | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 | ||||
| 7. Journée | 02.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Borussia Dortmund II | 2:1 | ||||
| 8. Journée | 05.09.2009 | Holstein Kiel | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 |  |
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| 9. Journée | 12.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Wacker Burghausen | 0:0 | ||||
| 10. Journée | 20.09.2009 | Eintracht Braunschweig | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 26.09.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Werder Bremen II | 2:2 | ||||
| 12. Journée | 03.10.2009 | Kickers Offenbach | - | FC Carl Zeiss Jena | 4:0 | ||||
| 15. Journée | 31.10.2009 | Jahn Regensburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 07.11.2009 | FC Carl Zeiss Jena | - | Dynamo Dresden | 0:4 | ||||
| 21. Journée | 23.01.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | SV Sandhausen | 0:1 | ||||
| 23. Journée | 06.02.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | Erzgebirge Aue | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 21.02.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfL Osnabrück | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 27.04.2010 | Wacker Burghausen | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 37. Journée | 30.04.2010 | Wuppertaler SV | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 |  |
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| 38. Journée | 08.05.2010 | FC Carl Zeiss Jena | - | VfB Stuttgart II | 1:2 | |
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