| 16. Journée | 22.02.2009 | FC Locarno | - | FC Schaffhausen | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 01.03.2009 | FC Schaffhausen | - | Servette FC | 0:0 |  |
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| 19. Journée | 15.03.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Thun | 2:2 | ||||
| 20. Journée | 22.03.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 21. Journée | 06.04.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Lausanne-Sport | 0:0 | ||||
| 22. Journée | 13.04.2009 | FC St. Gallen | - | FC Schaffhausen | 2:1 | ||||
| 23. Journée | 19.04.2009 | FC Schaffhausen | - | Yverdon Sport FC | 1:0 | ||||
| 24. Journée | 22.04.2009 | FC Gossau | - | FC Schaffhausen | 1:0 | ||||
| 25. Journée | 27.04.2009 | FC Schaffhausen | - | FC Lugano | 2:2 | ||||
| 26. Journée | 02.05.2009 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 1:3 | ||||
| 27. Journée | 09.05.2009 | FC Wohlen | - | FC Schaffhausen | 0:0 |
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