| 18. Journée | 31.01.2004 | Alemannia Aachen | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 19. Journée | 06.02.2004 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Nürnberg | 0:0 | ||||
| 20. Journée | 13.02.2004 | VfL Osnabrück | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 21. Journée | 22.02.2004 | Wacker Burghausen | - | Rot-Weiß Oberhausen | 5:0 |  |
|||
| 23. Journée | 05.03.2004 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 0:0 | ||||
| 24. Journée | 14.03.2004 | Wacker Burghausen | - | Arminia Bielefeld | 0:1 | ||||
| 22. Journée | 17.03.2004 | LR Ahlen | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 27. Journée | 04.04.2004 | Erzgebirge Aue | - | Wacker Burghausen | 3:0 | ||||
| 28. Journée | 11.04.2004 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:2 |  |
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| 29. Journée | 18.04.2004 | MSV Duisburg | - | Wacker Burghausen | 1:0 | |
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| 30. Journée | 23.04.2004 | Wacker Burghausen | - | VfB Lübeck | 2:1 | ||||
| 31. Journée | 02.05.2004 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 32. Journée | 07.05.2004 | Wacker Burghausen | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 33. Journée | 16.05.2004 | Eintracht Trier | - | Wacker Burghausen | 0:0 | |
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| 34. Journée | 23.05.2004 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Union Berlin | 3:1 |
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