| 1. Journée | 20.08.2016 | Floriana FC | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 |  |
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| 4. Journée | 17.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Hibernians FC | 1:2 |  |
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| 5. Journée | 22.09.2016 | Gżira United | - | Pembroke Athleta FC | 3:0 | |
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| 6. Journée | 26.09.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Birkirkara FC | 2:1 | ||||
| 7. Journée | 01.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Tarxien Rainbows | 2:2 | ||||
| 8. Journée | 16.10.2016 | St. Andrews FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:1 | ||||
| 9. Journée | 23.10.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Sliema Wanderers | 0:1 | ||||
| 10. Journée | 29.10.2016 | Hamrun Spartans | - | Pembroke Athleta FC | 2:1 | ||||
| 11. Journée | 05.11.2016 | Mosta FC | - | Pembroke Athleta FC | 0:3 | ||||
| 12. Journée | 20.11.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Floriana FC | 1:2 | ||||
| 13. Journée | 27.11.2016 | Balzan FC | - | Pembroke Athleta FC | 4:0 | ||||
| 14. Journée | 03.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Valletta FC | 0:3 | ||||
| 15. Journée | 10.12.2016 | Hibernians FC | - | Pembroke Athleta FC | 1:1 | ||||
| 16. Journée | 18.12.2016 | Pembroke Athleta FC | - | Gżira United | 0:0 | ||||
| 17. Journée | 08.01.2017 | Birkirkara FC | - | Pembroke Athleta FC | 2:0 |
Malte