| Groupe B | 16.09.2008 | Panathinaikos | - | Inter | 0:2 | ||||
| Groupe B | 22.10.2008 | Panathinaikos | - | Werder Bremen | 2:2 |  |
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| Groupe B | 04.11.2008 | Werder Bremen | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| Groupe B | 26.11.2008 | Inter | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| Groupe B | 09.12.2008 | Panathinaikos | - | Anorthosis Famagusta | 1:0 | |
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| tour des 16 | 25.02.2009 | Villarreal CF | - | Panathinaikos | 1:1 | ||||
| tour des 16 | 10.03.2009 | Panathinaikos | - | Villarreal CF | 1:2 |
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