| 3. Journée | 31.08.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FSV Mainz 05 II | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 06.09.2008 | Sportfreunde Lotte | - | FC Schalke 04 II | 0:1 | ||||
| 5. Journée | 21.09.2008 | FC Schalke 04 II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:1 | ||||
| 6. Journée | 27.09.2008 | Bayer Leverkusen II | - | FC Schalke 04 II | 0:2 | ||||
| 7. Journée | 04.10.2008 | FC Schalke 04 II | - | SV 07 Elversberg | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 07.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | BV Cloppenburg | 1:2 | ||||
| 17. Journée | 12.12.2008 | Wormatia Worms | - | FC Schalke 04 II | 0:2 |  |
|||
| 18. Journée | 19.12.2008 | Preußen Münster | - | FC Schalke 04 II | 3:0 | ||||
| 20. Journée | 28.02.2009 | 1. FSV Mainz 05 II | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 21. Journée | 07.03.2009 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Kleve | 3:0 |  |
|||
| 23. Journée | 21.03.2009 | FC Schalke 04 II | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 | ||||
| 24. Journée | 28.03.2009 | SV 07 Elversberg | - | FC Schalke 04 II | 4:1 | ||||
| 27. Journée | 25.04.2009 | FC Schalke 04 II | - | Sportfreunde Lotte | 0:1 |
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