| 1. Journée | 14.03.2009 | Lokomotiv Moskva | - | FK Khimki | 1:1 | ||||
| 3. Journée | 03.04.2009 | FK Khimki | - | FK Rostov | 0:1 | ||||
| 4. Journée | 10.04.2009 | Krylia Sovetov | - | FK Khimki | 3:0 | ||||
| 6. Journée | 25.04.2009 | Zenit St. Petersburg | - | FK Khimki | 4:2 | ||||
| 7. Journée | 03.05.2009 | FK Khimki | - | Kuban Krasnodar (1928-2018) | 2:2 |  |
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| 8. Journée | 11.05.2009 | Spartak Nalchik | - | FK Khimki | 0:0 | ||||
| 9. Journée | 16.05.2009 | FK Khimki | - | FK Moskva | 1:1 | ||||
| 10. Journée | 23.05.2009 | Terek Grozny | - | FK Khimki | 2:0 |  |
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| 12. Journée | 13.06.2009 | Spartak Moskva | - | FK Khimki | 1:0 | ||||
| 11. Journée | 06.07.2009 | FK Khimki | - | Rubin Kazan | 2:3 | ||||
| 13. Journée | 10.07.2009 | FK Khimki | - | FK Saturn | 1:0 | ||||
| 14. Journée | 19.07.2009 | FK Tom Tomsk | - | FK Khimki | 4:0 |  |
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| 16. Journée | 02.08.2009 | FK Khimki | - | Dinamo Moskva | 0:2 | |
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