| 6. Journée | 19.04.2008 | Krylia Sovetov | - | FK Tom Tomsk | 3:0 | ||||
| 19. Journée | 23.08.2008 | Shinnik Yaroslavl | - | FK Tom Tomsk | 0:1 |  |
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| 20. Journée | 31.08.2008 | FK Tom Tomsk | - | Krylia Sovetov | 0:4 | ||||
| 21. Journée | 13.09.2008 | FK Saturn | - | FK Tom Tomsk | 2:0 | ||||
| 22. Journée | 21.09.2008 | FK Tom Tomsk | - | Terek Grozny | 2:0 | ||||
| 23. Journée | 27.09.2008 | CSKA Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:1 |  |
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| 27. Journée | 02.11.2008 | Spartak Nalchik | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | ||||
| 28. Journée | 07.11.2008 | FK Khimki | - | FK Tom Tomsk | 1:1 | |
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| 30. Journée | 22.11.2008 | Dinamo Moskva | - | FK Tom Tomsk | 2:0 |
Estonie