| 5. Journée | 27.09.2008 | VfL Osnabrück [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 6. Journée | 04.10.2008 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Rot-Weiß Erfurt [B-jeun] | 1:1 | ||||
| 14. Journée | 12.10.2008 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Hertha Zehlendorf [B-jeun] | 1:2 |  |
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| 7. Journée | 26.10.2008 | Werder Bremen [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 4:2 | ||||
| 8. Journée | 01.11.2008 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | TeBe Berlin [B-jeun] | 0:2 | ||||
| 9. Journée | 09.11.2008 | Hannover 96 [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 0:3 | ||||
| 10. Journée | 15.11.2008 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Energie Cottbus [B-jeun] | 0:1 | ||||
| 11. Journée | 30.11.2008 | Holstein Kiel [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 0:0 | ||||
| 16. Journée | 01.03.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Hertha BSC [B-jeun] | 2:1 | ||||
| 18. Journée | 15.03.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | VfL Osnabrück [B-jeun] | 0:3 | ||||
| 19. Journée | 22.03.2009 | Rot-Weiß Erfurt [B-jeun] | - | FC St. Pauli [B-jeun] | 1:2 | ||||
| 20. Journée | 05.04.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Werder Bremen [B-jeun] | 1:8 |  |
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| 22. Journée | 26.04.2009 | FC St. Pauli [B-jeun] | - | Hannover 96 [B-jeun] | 2:1 |
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