| 2. Journée | 09.08.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Hertha BSC II | 0:1 | ||||
| 3. Journée | 13.08.2006 | 1. FC Union Berlin | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 5. Journée | 25.08.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Bayer Leverkusen II | 2:1 |  |
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| 6. Journée | 02.09.2006 | Kickers Emden | - | SV Wilhelmshaven | 1:3 | ||||
| 7. Journée | 12.09.2006 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 8. Journée | 16.09.2006 | Hamburger SV II | - | SV Wilhelmshaven | 3:1 | ||||
| 11. Journée | 14.10.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Rot Weiss Ahlen | 4:1 | |
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| 12. Journée | 20.10.2006 | VfL Osnabrück | - | SV Wilhelmshaven | 2:0 | ||||
| 13. Journée | 28.10.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Fortuna Düsseldorf | 1:1 | |
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| 14. Journée | 04.11.2006 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Wilhelmshaven | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 08.11.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Dynamo Dresden | 1:1 | |
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| 16. Journée | 11.11.2006 | 1. FC Magdeburg | - | SV Wilhelmshaven | 3:0 | ||||
| 17. Journée | 18.11.2006 | SV Wilhelmshaven | - | Wuppertaler SV | 2:1 | |
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| 19. Journée | 02.12.2006 | SV Wilhelmshaven | - | VfB Lübeck | 1:3 | |
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