| 2. Journée | 01.09.2016 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 0:0 | ||||
| 6. Journée | 10.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 7. Journée | 17.09.2016 | Preußen Münster | - | 1. FC Magdeburg | 2:3 | ||||
| 8. Journée | 21.09.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 11. Journée | 15.10.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 15. Journée | 19.11.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | ||||
| 16. Journée | 26.11.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Hallescher FC | 1:0 | ||||
| 17. Journée | 04.12.2016 | FSV Frankfurt | - | 1. FC Magdeburg | 0:1 |  |
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| 18. Journée | 10.12.2016 | 1. FC Magdeburg | - | VfR Aalen | 3:0 |  |
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| 19. Journée | 17.12.2016 | Sportfreunde Lotte | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | |
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| 20. Journée | 28.01.2017 | Fortuna Köln | - | 1. FC Magdeburg | 2:1 |
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